Tổ chức bộ máy gồm:

Ban lãnh đạo và 3 khoa, phòng: Phòng Hành chính Nghiệp vụ, Phòng Thanh tra và Khoa An toàn thực phẩm.

Ban lãnh đạo: Chi cục trưởng và 02 Phó Chi cục trưởng

Phòng Hành chính nghiệp vụ: Trưởng phòng, Phó trưởng phòng, 02 chuyên viên và 03 nhân viên

Phòng Thanh tra: Trưởng phòng và 03 chuyên viên

Khoa An toàn thực phẩm: Trưởng khoa, Phó trưởng phòng Thanh tra phụ trách Khoa và 6 viên chức